청와대는 이 특별감찰관의 감찰내용 유출의혹을 '국기문란'으로 규정, 수사 가이드라인을 제시하는 한편 우 수석에 대한 사퇴여론이 거세짐에도 불구하고 그를 철저히 보호하고 있다. 반면 야당 측은 연일 우 수석 사퇴 공세를 펼치면서 철저한 수사를 요구하고 있다. 검찰은 또 서울중앙지검 조사1부가 감찰에 앞서 접수된 우 수석 관련 고소·고발사건을 이미 맡고 있었던 데다 이 특별감찰관 고발사건 역시 서울중앙지검에 접수돼 있었던 만큼 이 사건을 검찰총장 직속 사건으로 처리할지, 서울중앙지검에 이첩해 처리할지 여부에 대한 고심도 깊었다.
이번 특수팀의 성과에 따라 김 총장과 검찰조직의 명운이 달라질 수 있다. 물론 윤 대구고검장은 ‘국가정보원 간첩 증거조작 사건’ 등 민감한 특별수사를 맡아 비교적 원만한 결과를 이끌어낸 전력이 있기에 명쾌하게 매듭을 지을 것으로 기대를 모으고 있다.

검찰은 빠른 시일 내에 특별수사팀을 충원한 뒤 본격적인 수사에 들어간다는 방침이다.하지만 자칫 후폭풍도 우려된다. 특별수사팀 구성이라는 정면돌파 카드를 꺼내든 만큼 제대로 된 수사결과를 내놓지 못할 경우 오히려 검찰이 여론의 역풍을 받게 될 것이라는 전망도 나오고 있다. 예컨대 윤 고검장과 우 수석은 1990년 연수원을 19기로 함께 수료한 연수원 동기로 친분 관계가 깊은 것으로 알려져 있다. 이어 윤 고검장은 2006년 법무부 보호과장, 우 수석은 2005년 법무부 법조인력정책과장으로 1년간 함께 법무부에서 근무하기도 했다.2008년 무렵 나란히 서울중앙지검에서 근무한 경력도 있다.

윤 고검장은 특수2부 부장검사, 우 수석은 금융조세조사2부 부장검사로 근무하면서 3차장 검사의 지휘를 받아 수사를 진행했다. 이밖에 윤 고검장이 서울중앙지검 3차장 검사, 우 수석이 대검 수사기획관으로 근무할 2009년 무렵에는 두 사람의 친분 관계로 수사협조가 원활하게 이뤄졌던 것으로 알려져 있기도 하다. 윤 고검장은 이 특별감찰관과 1993년 대구지검 경주지청에서 함께 근무한 인연도 있다.현실이 이러하기에 검찰 안팎에서 “윤 고검장은 우 수석과 라인이 형성돼 있어 공정하게 수사가 진행될 수 있을지에 대한 의구심이 많이 든다"는 우려를 사고 있는 것이다.

특히 지난 연말 검찰 인사를 단행하면서 우 수석이 모든 곳을 간섭했고 윤 고검장이 수사팀의 수장이 된 것은 검찰의 한계를 보여주는 단적 사례라는 것"이라는 비판이 작지 않다.더구나 검찰은 사안을 보는 시각이 잘못 됐다고 할 수 있다. 우병우 비리 의혹은 따로 떼서 특검이 맡아야 하는 게 온당할 것이다. 검찰이 우 수석 사건과 이 특별감찰관 사건을 같이 하는 건 사안이 다르다. 검찰에서도 중립성을 의심받을 수 있어 특별수사팀을 꾸린 것 같은데 근본적인 해결책은 되지 않는다는 지적이 나오는 이유이다.

여하튼 검찰의 역할이 중요하다. 검찰은 이번에 엄정 수사가 흔들리면 공위공직자비리수사처의 설립이 여론의 지지를 업고 실현될 수밖에 없음을 직시해야 한다.