국회 기획재정위원회 소속 이언주 의원(국민의당. 경기도 광명시을)은 17일 서울지방국세청 국정감사에서 지난 11년 이후 교차세무조사 내역을 보면 건수로는 50%이상, 부과액의 70~90%이상이 서울청에 집중되고 있다며 교차세무조사는 국세청장이 관할을 조정할 수 있는데 정치적 사건 전담조직이 아니냐고 묻고, 교차세무조사 대상, 사유, 목적 등을 기록하는 공식문서로 처리하고 영구 보관되어야 한다고 주장했다.

2016년의 경우 총32건 중 서울청이 15건으로 46.8%, 부과세액 1조1340억원 중 1조921억원으로 96.3%를 차지하고 있다. 이에 반해 2~3건에 부과세액이 하나도 없는 지방청도 있다.

이 의원은 “교차세무조사는 세무조사의 공정성 제고 및 부조리 예방을 위해 실시하는데 서울청의 경우 일상적으로 세무조사 건수가 지방청 중 가장 많고 경제규모가 상대적으로 크다. ‘12~’16년까지 1만7천 건이 넘고 법인 정기조사도 총 선정건수 중 1년 이내에 세무조사를 하지 못하는 건수가 30% 이상이나 된다. 서울청에서 교차세무조사의 절반을 감당하는 것은 부적절한 것”이라고 지적했다.

또한 이 의원은 “지난 보수정권 10년간 연예인 등 개인사업자는 물론 법인사업자에 대한 정치적, 표적 세무조사 의혹이 잇따라 제기되고 있다. 그 중심에 서울청 조사4국이 있다. 최근 논란이 되고 있는 태광실업은 부산에 근거지를 둔 중소기업인데 이례적으로 서울청 조사4국이 투입된 것은 정치적인 의혹이 크다” 며 교차세무조사가 정치적, 표적 세무조사로 악용되지 않기 위해서는 교차세무조사 대상, 사유, 목적 등을 기록하는 공식문서로 처리하고 영구 보관할 것을 촉구했다.

한편, 이 의원은 이같은 서울청의 조세행정소송 패소율 역시 2016년 건수 17.7%, 금액 23.2%로 6개 지방청 중 가장 높은 것으로 나타났다며, 소송인력을 대폭 보강하고 대리인 비율이 타 지방청에 비해 높은데도 패소율이 크게 개선되지 않아 소송비용 등 예산낭비가 심각하다고 지적했다.

2016년의 경우 건수 패소율은 17.7%로 평균 11.5%보다 높았다. 지역별로는 중부청 4.7%, 대전청 8.0%, 광주청 4.0%, 부산청 10.1% 등이었다.